Historia tego obiektu jest związana z płynącą tuż obok rzeczką Kumielą (niem. Die Hommel). Już w okresie krzyżackim podejmowano próby jej gospodarczego wykorzystania, stąd u jej brzegów budowano młyny wodne. Jeden z nich usytuowany na obrzeżu lasów Bażantarni (niem. Vogelsang), otoczony krzakami i zaroślami, został nazwany Strauchmühle, czyli Młyn Krzaczasty.

W przywileju nadanemu Elblągowi w 1246 r., a więc dziewięć lat po założeniu miasta, można pośrednio wnioskować, że należący do Zakonu Młyn Krzaczasty już działał. Dopiero w
1457 r., w podzięce za złożony hołd, wszystkie okoliczne młyny wodne, zostały przez króla polskiego Kazimierza Jagiellończyka, przekazane miastu.

Źródła historyczne mówią, że w dniu 8 lutego 1806 r. Młyn Krzaczasty kupił za 6233 talary i 30 groszy w dzierżawę wieczystą radca komisaryczny, tajny radca handlowy i konsul w Sankt Petersburgu – Gottfried August Abbeg – bardzo zasłużona dla dawnego Elbląga postać.

Pierwotnie Młyn Krzaczasty obejmował jeden budynek wykonany w konstrukcji szkieletowej z użyciem dębu (obecna restauracja) z kanałem rzecznym przy ścianie południowej oraz kołem młyńskim. W XIX w. wykonano w cegle część południową z „domem młynarza” (obecna część hotelowa), zamieniając jednocześnie koło młyńskie na turbinę wodną. Ostatecznie w 1908 r. wzniesiono dobudówkę kończącą rozbudowę obecnie zachowanego zespołu młyna, co potwierdza data wykonana z piaskowca na ścianie budynku.

Przyjmuje się, że wkrótce po śmierci Abbega w 1816 r. Młyn Krzaczasty znalazł się w posiadaniu Friedricha Davida i Juliusza Lickfetta prowadzących firmę „Handlung D. Lickfett & Co” zajmującą się handlem wyrobami młynarskimi. Wartym podkreślenia jest fakt, że Friedrich David Lickfett był jednocześniedługoletnim vice-konsulem Holandii w Elblągu. Młyn pozostał ich własnością do 1881 r., a następnie pojawia się nazwisko rodziny Jochem aż do 1945 r. Obiekt przetrwał w dobrym stanie zawieruchę wojenną, aby po wojnie zostać przejętym przez państwo polskie.
Wciąż wykorzystywany był zgodnie ze swoim pierwotnym przeznaczeniem jako młyn zbożowy i silos do połowy lat 60-tych.

Pod koniec lat 80-tych obiekt został opuszczony. W 1991 r. Zabytkowy Zespół Młyna Wodnego został wpisany do rejestru zabytków.

W 1994 r. Młyn w wyniku pożaru uległ całkowitemu zniszczeniu. Budynek główny został całkowicie pozbawiony dachu i stropów. Pozostały jedynie spalone fragmenty słupów drewnianych, liczne pęknięcia murów i ubytki cegieł, ogólne zawilgocenie oraz popękane i skorodowane stalowe ściągi spinające mury zewnętrzne.

W takim stanie w 1996 r. Młyn przejął PROZAMECH Przedsiębiorstwo Modernizacji i Remontów Urządzeń Energetycznych, który podjął trud jego odbudowy oraz przystosowania obiektu do celów hotelowych i gastronomicznych. Prace trwały 7 lat, aby w październiku 2003 r. oddać do użytku gości trzygwiazdkowy Hotel Młyn.

Legenda o Młynarzu i Młynarzowej

Wojska napoleońskie przybyły do Elbląga w 1807 roku. By nakarmić wielki garnizon zmuszono elblążan do dostawy żywności. Wieczorem do Krzaczastego Młyna (dziś Hotel Młyn***) przybył francuski patrol. Żołnierze kazali dać sobie dobrze jeść i pić, słyszeli bowiem o doskonałych wypiekach Młynarzowej i równie dobrym winie tam pędzonym. Młynarz widząc co się święci gorzko zapłakał. Widział już oczyma duszy puste spiżarnie i piwnice, obrabowany młyn, puste spichlerze na poddaszu.
Miał jednak Młynarz szczęście, którego wcześniej nie doceniał – roztropną żonę. Podała ona do stołu chleby i ciasta: jednym żołnierzom z zepsutej mąki, innym zaś z doskonałej. Jedni Francuzi krzywili się i pluli, inni zaś twierdzili, że mąka nadaje się dla wojska. W ten czas Młynarz podawał zadowolonym dotychczas żołnierzom cienkie i cierpkie wina, zaś złorzeczącym na pieczywo – napitki doskonałe. Podchmieleni i skonsternowani żołnierze nie mogąc dojść do porozumienia wzięli się w końcu za łby. Kwatermistrz garnizonu uznał, że młyn nie będzie podlegał rekwizycji.
Ocalał tedy jako jeden z niewielu obiektów gospodarczych w Elblągu. Na pamiątkę tych wydarzeń, następcy wmurowali kamienne głowy przemyślnej małżonki i przestraszonego młynarza. Po latach znalazły one swe miejsce nad wejściem do Kamiennego Młyna (dziś Restauracji Hotelu Młyn***).